S'il n'existe pas d'outils capable d'automatiser le référencement de votre site, certains logiciels sont cependant très utiles dans le cadre de la maintenance et du référencement. Voici une selection d'outils gratuits que j'utilise régulièrement :

WebBug : WebBug est un analyseur d'entête HTTP, qui permet d'envoyer une requête à un serveur et d'afficher la réponse de celui-ci. On peut ainsi déterminer si une redirection serveur est de type 301 ou 302, examiner des redirections successives, ou simplement voir le code source d'une page redirigeant vers une autre via une balise meta refresh ou un javascript.

Xenu Link Sleuth : Xenu permet de repérer les liens morts en parcourant votre site. Il est également capable de générer un rapport au format html listant -entre autres- tous les liens indexables de votre site. Utile pour générer une sitemap par exemple !

Backlinks Master : Ce logiciel analyse les backlinks (liens rentrant) d'un site et determine le texte (anchor) de ceux-ci.

Extension Web Developer : Cette extension pour Firefox offre une quantité impressionnante d'outils utiles aux webmasters et référenceurs. Notamment il est possible de désactiver javascript, CSS, les cookies, de linéariser les tables, et donc de configurer son navigateur pour "voir" un site comme le verrait un robot d'indexation.

PsPad : PsPad est un excellent éditeur multi-languages, qui permet tout aussi bien de travailler sur du HTML ou du PHP que d'éditer du texte brut (tri, modification de la casse, formatage...). Il permet également le chercher/remplacer sur plusieurs fichiers.

DNSstuff.com : Pas un logiciel, mais un service en ligne bien utile : Whois, traceroute, ping, géolocalisation et bien plus une page unique !

Edit : A voir également, Keyword Crawler, un logiciel signalé par un sympathique lecteur, permettant d'analyser les mots-clés d'un site et de générer une sitemap au format XML pour Google.